Tra il manga e la serie animata di "Card Captor Sakura" ci sono state notevoli differenze, che meritano di essere approfondite. Per cominciare nell'anime sono state aggiunte dai produttori molte carte di Clow che nel manga erano inesistenti e ciò è stato fatto per aumentare la lunghezza delle puntate.
Il personaggio di Meilin Li, una ragazzina proveniente dalla Cina e promessa sposa di Li Shaoran, che giunge a Tokyo per controllare le mosse di Lì è presente soltanto nella serie animata. Inoltre nel manga Lì arriva a Tokyo per catturare le carte di Clow e vive in un appartamento da solo, mentre, nell'anime vive con un maggiordomo che si occupa delle faccende domestiche.
Il finale del manga e dell'anime è completamente diverso, basti pensare che nella serie animata Sakura rincontra Lì per caso alle scuole medie. Come se non fosse sufficiente per nascondere i rapporti amorosi esistenti nei vari personaggi sono state apportate molte modifiche che stravolgono la storia. Un esempio è dato dal fatto che nella serie televisiva Touya e Yukito vanno a scuola con due biciclette diverse, mentre nella serie cartacea utilizzano la stessa bicicletta.