Kuzco è l'imperatore incontrastato di un regno situato nel cuore della jungla. Tutto procede per il meglio per il giovane reale dato che nel suo palazzo fa tutto ciò che vuole e tutti sono a suo servizio.
Ogni mattina l'uomo sigla canta per lui e gli altri servitori lo riveriscono in tutto e per tutto. Una mattina l'imperatore sta seguendo le sue solite abitudini, ma involontariamente un anziano interrompe il suo ritmo, e questi viene gettato da una finestra.
Poco dopo fa il suo ingresso un contadino, chiamato Pacha, che è stato convocato dall'imperatore in persona per un colloquio. Mentre sale a palazzo vede il vecchietto impigliato ad una tenda e lo aiuta, e l'anziano, dopo averlo ringraziato, lo prega di stare attento a non rompere il ritmo dell'imperatore.
Intanto Kuzco ha deciso di licenziare la sua consigliera di corte, di nome Yzma, dato che ha preso la pessima abitudine di governare il regno alle sue spalle. La donna non la prende affatto bene e se ne va infuriata, insieme al suo braccio destro: un uomo dalle dimensioni enormi chiamato Kronk.
Poco dopo l'imperatore riceve il povero Pacha e lo avverte che per il suo diciottesimo compleanno ha intenzione di far costruire Kuscotopia, la sua redidenza estiva, situata proprio nella collina dove il contadino vive da anni con la sua famiglia. Alla sua opposizione alla faccenza, Kuzco lo fa allontanare con le guardie, dicendogli che ormai deve sistemarsi da un'altra parte.
Intanto la perfida Izma organizza una cena per il giovane sultano con l'intenzione di avvelenarlo e di ucciderlo. Kronk sbaglia la pozione e il povero Kuzco viene trasformato in un lama parlante. Yzma infuriata colpisce Kuzco alla testa, facendogli perdere coscienza, e ordina a Kronk di portarlo fuori da palazzo e di ucciderlo.
Kronk mentre porta via il sacco con dentro l'imperatore ha dei sensi di colpa e parlando con il suo angelo custode e con il suo diavolo personale, non riesce a gettarlo da una cascata, così mentre pensa a cosa fare, si imbatte in un gatto che lo fa cadere dalla scale, e il sacco con il lama finisce sul carretto governato da Pacha.
E' notte fonda quando il contadino fa rientro a casa dove lo aspettano sua moglie, alla quale racconta che l'imperatore non ha potuto riceverlo, Chica e i suoi due adorabili figli: Chaca e Tibo. Mentre l'uomo porta il suo lama nella stalla, apre il sacchetto e scopre che contiene un lama parlante. Dopo essersi spaventato capisce che quel lama è l'imperatore che non sa di esserlo. Non appena glielo fa notare, incolpa Pacha di averlo trasformato e poi rapito. Dopo essersi calmato Kuzco chiede di tornare a palazzo e Pacha si offre di accompagnarlo nella condizione che lui non costruisca Kuzcotopia. Ma il lama è testardo e decide di tornare a casa da solo senza nessun aiuto.
Non appena Kuzco si ritrova solo nella foresta si imbatte in uno simpatico scoiattolo che gli offre una ghianda, ma il lama la prende e gliela getta sulla testolina. Poco dopo Kuzco si ritrova in una tana di pantere nere e lo scoiattolo scoppia un palloncino e le sveglia.
Mentre il lama è riconso da un branco di pantere affamate, arriva Pacha che lo porta in salvo con una liana, ma purtroppo questa si spezza e i due cadono in un fiume. Legati ad un tronco dalla liana si dirgono verso una cascata con massi appuntiti. Pacha nuota e porta in salvo il lama parlante che ha perso coscienza. Gli pratica la respirazione a bocca a bocca e lo fa risvegliare profondamente disgustato dalla cosa.
Pacha accende il fuoco per scaldarsi, ma prontamente kuzco in qualche modo lo spegne sempre. Il contadino si è offerto di accompagnarlo perchè è convinto che prima o poi l'imperatore cambierà idea e costruirà la sua residenza estiva da un'altra parte.
Il giorno successivo a palazzo viene celebrato il funerale di Kuzco e Izma diviene la nuova Imperatrice, peccato che venga a sapere da Kronk che Kuzco è ancora vivo da qualche parte nella jungla, così decidono di partire e di raggiungerlo per eliminarlo definitivamente. Intanto Kuzco e Pacha si stringono la mano in quanto l'imperatore ha deciso di costruire Kuzcotopia da un'altra parte. Mentre sono su un ponte, diretti a palazzo, Pacha cade da un trave e si ritrova legato sopra ad un fiume con dei coccodrilli.
Implora Kuzco di salvarlo, ma egli se ne va rimangiandosi la sua promessa su Kuzcotopia,ma proprio in quel momento cade anche lui e i due cominciano a litigare furiosamente. Le corde che li legano al ponte, cedono e finiscono a pochi metri dal precipizio con il fiume colmo di coccodrilli. Decidono di collaborare e legando le loro braccia riescono a salire sul precipizio e a tornare sulla terra ferma. Il masso su cui è Pacha non regge al suo peso, ma Kuzco lo porta in salvo afferrandolo per la maglia. E' in quel momento che Pacha si rende conto che in fin dei conti il lama non è poi così malvagio ed egocentrico come sembrava.
Intanto Izma e Kronk stanno settacciando tutti i villaggi alla ricerca di Kuzco e nella Jungla si fanno dare le istruzioni dallo scoiattolo che è stato offeso dal lama, grazie al fatto che Kronk riesce a comunicare con lui.
Pacha e Kuzco si rimettono in cammino e decidono di fermarsi in una locanda a mangiare qualcosa, ma i lama non possono entrare. Kuzco si traveste da donna ed entra con Pacha fingendosi sua sposa. Il menù del posto non è gradito dall'imperatore che va a lamentarsi in cucina.
Nello stesso locale, a poca distanza da loro, ci sono anche Izma e Kronk sulle tracce di Kuzco. Izma si lamenta della cucina e Kronk prende il posto del cuoco, ma fortunatamente Kuzco non lo vede.
Kronk riconosce Pacha e sapendo di averlo visto, gli chiede se per caso lo conosce, ma il contadino risponde di no ed esce dal locale con Kuzco. Pacha spiega al lama parlante che quelli che credeva buoni, in realtà lo stanno cercando per sbarazzarsi di lui. Kuzco non ci crede e cocciutamente decide di raggiungerli, ma dalle parole di Izma si accorge che Pacha aveva ragione.
Triste e infelice per non avergli dato fiducia si ritrova solo sotto la pioggia nel cuore della jungla, ma il mattino successivo ritrova il suo amico Pacha che è al pascolo con i suoi lama. I due fanno pace e si rimettono in cammino verso il palazzo.
Prima però fanno ritorno al villaggio per vedere la situazione. A casa di Pacha sono arrivati Kronk ed Izma che si sono finti parenti del contadino, ma Chica conosce la situazione e con l'aiuto dei figli se ne sbarazza cacciandoli da casa.
Intanto Pacha e Kuzco giungono nel laboratorio di Izma, ma lei e Kronk sono arrivati prima e si sono impossessati della fialetta con l'antidoto per l'estratto di lama. Kronk ha dei sensi di colpa e parlando con il suo angelo e il suo diavolo custode decide di colpire Izma facendo calare un lampadario sul pavimento che non la mira.
Izma insulta Kronk e scaraventa tutte le fialette di un armadio per terra e preme una leva che fa sì che Kuzco e Pacha finiscono in un canale di scolo. Pacha ha afferrato tutte le fialette ed una ad una le fa ingoiare a Kuzco per trovare quella giusta. Dopo una serie di perifezie Izma cerca di impadronirsi della fiala, ma viene trasformata in una micetta dalla strana voce, mentre Kuzco riesce a recuperare la fiala e a ritornare un uomo.
Pacha ha ottenuto la sua casa e un migliore amico come Kuzco, mentre l'imperatore è diventato più buono e generoso e ha deciso di costruire la sua residenza nella collina vicina alla dimora del contadino. Insieme si lanciano nuotando nella cascata che porta al fiume, mentre Chica ha dato alla luce un altro figlio.
Izma è rimasta una tenera micina, mentre Kronk è diventato un istruttore boy scout che insegna ai bambini, compresi i figli di Pacha, a parlare allo scoiattolino.
E vissero tutti felici e contenti.
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